Kui kirsid on juba nakatunud, ei saa enam vastumeetmeid võtta. Seetõttu peab tõrje toimuma munade munemise ajal.
Ravimid kirsikärbeste tõrjeks
Kirsikärbsed talvituvad mullas ja hakkavad mais või juunis munema. Nad loodavad, et ilm on võimalikult soe ja kuiv, mistõttu nende putukate lennuaeg varieerub olenev alt ilmast. Peamiselt lendavad nad kollaste viljade juurde munema, nii et neid saab kollaste paneelidega ohjata. Need kollased paneelid tõmbavad kärbseid ligi oma värvi ja atraktandiga ning on kaetud liimiga, nii et kärbsed kleepuvad nende külge ja surevad. Puu kõrguse meetri kohta on vaja umbes kahte sellist kollast tahvlit.
Kanad ja pardid
Kanad ja pardid kuuluvad kirsikärbeste loomulike vaenlaste hulka. Igaüks, kes neid loomi oma aias peab, saab seetõttu kirsikärbeste populatsiooni piirata, lastes lindudel sügisel ja talvel viljapuude all kraapida. Nad söövad ära maa sees talvituvad nukud ja ka mahakukkunud viljad, mis võivad veel sisaldada kirsitõugusid.
Nematoodid
Nematoodid saab kaubanduslikult osta. Need asetatakse vette ja valatakse kirsipuu ümber maapinnale. Se alt levivad nad pinnasesse ja toituvad parasiitidena kirsikärbeste vastsetest. Seda tüüpi tõrjet kasutades on oluline meeles pidada, et nematoodid ei talu päikesevalgust. Seetõttu võib neid kasutada ainult õhtul või kui taevas on pilves. Nematoodid vajavad liikumiseks ka piisav alt niisket mulda. Nematoodid sobivad paljude kahjurite tõrjumiseks, nende kasutamiseks kirsikärbse vastsete vastu on kõige parem kasutada juunis.
Mullastiku kaitsmine
Kirsipuu alla asetatud kile takistab vastsete tungimist mulda nukkuma ja üle talvituma. Samal ajal kogunevad sinna kõik kirsid, mis on juba mädanenud ja vastsete tõttu puu otsast alla kukkunud. Nii saab järgmisel aastal nakatumist vähendada – aga tuleb jälgida, et mahakukkunud vilju oma komposti ei viskaks, sest järgmisel kevadel levivad need kahjurid se alt uuesti.
Puuviljade kaitse
Kirsipuu võra ümber olev kultuurikaitsevõrk takistab kirsipuu kärbestel munemast kirsidesse. Et need väikesed kärbsed, millest mõned on alla viie millimeetri suurused, eemale hoida, peab see olema kootud väga peene võrguga. Samuti on oluline jälgida, et ei oleks tühikuid, mida kärbsed saaksid sisenemisteena kasutada.
Varase valmimise kirsisortide istutamine
Varajane valmivad kirsid on tavaliselt tõugudest ja ussidest vabad. Nende puhul toimub viljade eelküpsemine enne kirsikärbeste lennuaega, mistõttu nad ei paku neile putukatele vastsete toiduna huvi ja on säästetud. Uue viljapuuaia istutamisel on seetõttu oluline kaaluda, kas saab istutada mõnda varajastest kirsisortidest, et vältida nakatumist juba eos.